| Platz | Mannschaft | SP | G | U | V | Tore | Diff. | Pkt. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Energie Cottbus | 19 | 11 | 3 | 5 | 42:33 | 9 | 36 |
| 2 | SC Verl | 19 | 9 | 8 | 2 | 44:26 | 18 | 35 |
| 3 | MSV Duisburg | 19 | 9 | 7 | 3 | 32:22 | 10 | 34 |
| 4 | Rot-Weiss Essen | 19 | 9 | 7 | 3 | 36:30 | 6 | 34 |
| 5 | Hansa Rostock | 19 | 8 | 8 | 3 | 31:19 | 12 | 32 |
| 6 | VfL Osnabrück | 19 | 9 | 5 | 5 | 26:21 | 5 | 32 |
| 7 | TSG Hoffenheim II | 19 | 9 | 4 | 6 | 40:27 | 13 | 31 |
| 8 | TSV 1860 München | 19 | 9 | 3 | 7 | 29:29 | 0 | 30 |
| 9 | SV Waldhof Mannheim | 19 | 9 | 2 | 8 | 32:31 | 1 | 29 |
| 10 | VfB Stuttgart II | 19 | 8 | 5 | 6 | 26:26 | 0 | 29 |
| 11 | SV Wehen Wiesbaden | 19 | 8 | 4 | 7 | 25:23 | 2 | 28 |
| 12 | FC Viktoria Köln | 19 | 8 | 3 | 8 | 28:25 | 3 | 27 |
| 13 | Jahn Regensburg | 19 | 7 | 3 | 9 | 28:29 | -1 | 24 |
| 14 | FC Ingolstadt | 19 | 5 | 7 | 7 | 32:30 | 2 | 22 |
| 15 | 1. FC Saarbrücken | 19 | 5 | 7 | 7 | 29:31 | -2 | 22 |
| 16 | Erzgebirge Aue | 19 | 5 | 7 | 7 | 23:28 | -5 | 22 |
| 17 | Alemannia Aachen | 19 | 6 | 3 | 10 | 28:34 | -6 | 21 |
| 18 | SSV Ulm 1846 Fussball | 19 | 5 | 1 | 13 | 26:44 | -18 | 16 |
| 19 | TSV Havelse | 19 | 2 | 7 | 10 | 25:40 | -15 | 13 |
| 20 | 1. FC Schweinfurt 05 | 19 | 2 | 0 | 17 | 16:50 | -34 | 6 |
Der Drittliga-Meister und der Tabellenzweite steigen am Ende der Saison direkt in die 2. Liga auf. Das Team auf Platz 3 geht in die Relegation mit dem Drittletzten der 2. Bundesliga und spielt um den Aufstieg. Die Teams auf den letzten vier Plätzen steigen direkt in die Regionalliga ab.
