| Platz | Mannschaft | SP | G | U | V | Tore | Diff. | Pkt. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | SC Verl | 20 | 10 | 8 | 2 | 49:28 | 21 | 38 |
| 2 | MSV Duisburg | 20 | 10 | 7 | 3 | 36:22 | 14 | 37 |
| 3 | Energie Cottbus | 20 | 11 | 4 | 5 | 43:34 | 9 | 37 |
| 4 | Hansa Rostock | 20 | 9 | 8 | 3 | 33:20 | 13 | 35 |
| 5 | VfL Osnabrück | 20 | 10 | 5 | 5 | 29:21 | 8 | 35 |
| 6 | Rot-Weiss Essen | 20 | 9 | 8 | 3 | 37:31 | 6 | 35 |
| 7 | TSG Hoffenheim II | 19 | 9 | 4 | 6 | 40:27 | 13 | 31 |
| 8 | SV Wehen Wiesbaden | 20 | 9 | 4 | 7 | 26:23 | 3 | 31 |
| 9 | TSV 1860 München | 20 | 9 | 4 | 7 | 30:30 | 0 | 31 |
| 10 | SV Waldhof Mannheim | 20 | 9 | 2 | 9 | 34:36 | -2 | 29 |
| 11 | VfB Stuttgart II | 20 | 8 | 5 | 7 | 26:30 | -4 | 29 |
| 12 | FC Viktoria Köln | 20 | 8 | 3 | 9 | 28:27 | 1 | 27 |
| 13 | FC Ingolstadt | 20 | 6 | 7 | 7 | 35:30 | 5 | 25 |
| 14 | Jahn Regensburg | 20 | 7 | 3 | 10 | 28:32 | -4 | 24 |
| 15 | 1. FC Saarbrücken | 20 | 5 | 8 | 7 | 30:32 | -2 | 23 |
| 16 | Erzgebirge Aue | 20 | 5 | 7 | 8 | 24:30 | -6 | 22 |
| 17 | Alemannia Aachen | 20 | 6 | 3 | 11 | 28:37 | -9 | 21 |
| 18 | SSV Ulm 1846 Fussball | 20 | 5 | 1 | 14 | 26:45 | -19 | 16 |
| 19 | TSV Havelse | 19 | 2 | 7 | 10 | 25:40 | -15 | 13 |
| 20 | 1. FC Schweinfurt 05 | 20 | 3 | 0 | 17 | 18:50 | -32 | 9 |
Der Drittliga-Meister und der Tabellenzweite steigen am Ende der Saison direkt in die 2. Liga auf. Das Team auf Platz 3 geht in die Relegation mit dem Drittletzten der 2. Bundesliga und spielt um den Aufstieg. Die Teams auf den letzten vier Plätzen steigen direkt in die Regionalliga ab.
