| Platz | Mannschaft | SP | G | U | V | Tore | Diff. | Pkt. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | MSV Duisburg | 16 | 9 | 5 | 2 | 30:19 | 11 | 32 |
| 2 | Energie Cottbus | 16 | 10 | 2 | 4 | 36:26 | 10 | 32 |
| 3 | SC Verl | 16 | 8 | 6 | 2 | 40:24 | 16 | 30 |
| 4 | Rot-Weiss Essen | 16 | 8 | 5 | 3 | 32:27 | 5 | 29 |
| 5 | VfL Osnabrück | 16 | 8 | 5 | 3 | 20:15 | 5 | 29 |
| 6 | Hansa Rostock | 16 | 7 | 6 | 3 | 27:16 | 11 | 27 |
| 7 | SV Waldhof Mannheim | 16 | 8 | 1 | 7 | 28:25 | 3 | 25 |
| 8 | VfB Stuttgart II | 16 | 7 | 4 | 5 | 23:23 | 0 | 25 |
| 9 | TSG Hoffenheim II | 16 | 7 | 3 | 6 | 34:24 | 10 | 24 |
| 10 | TSV 1860 München | 16 | 7 | 3 | 6 | 24:25 | -1 | 24 |
| 11 | FC Viktoria Köln | 16 | 7 | 2 | 7 | 25:24 | 1 | 23 |
| 12 | SV Wehen Wiesbaden | 16 | 6 | 4 | 6 | 20:19 | 1 | 22 |
| 13 | FC Ingolstadt | 16 | 5 | 5 | 6 | 27:24 | 3 | 20 |
| 14 | 1. FC Saarbrücken | 16 | 5 | 5 | 6 | 25:26 | -1 | 20 |
| 15 | Jahn Regensburg | 16 | 6 | 2 | 8 | 23:26 | -3 | 20 |
| 16 | Alemannia Aachen | 16 | 6 | 1 | 9 | 25:28 | -3 | 19 |
| 17 | Erzgebirge Aue | 16 | 4 | 5 | 7 | 17:26 | -9 | 17 |
| 18 | SSV Ulm 1846 Fussball | 16 | 4 | 1 | 11 | 20:36 | -16 | 13 |
| 19 | TSV Havelse | 16 | 1 | 5 | 10 | 19:35 | -16 | 8 |
| 20 | 1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 2 | 0 | 14 | 13:40 | -27 | 6 |
Der Drittliga-Meister und der Tabellenzweite steigen am Ende der Saison direkt in die 2. Liga auf. Das Team auf Platz 3 geht in die Relegation mit dem Drittletzten der 2. Bundesliga und spielt um den Aufstieg. Die Teams auf den letzten vier Plätzen steigen direkt in die Regionalliga ab.
